O Greenpeace Brasil é uma associação civil sem fins lucrativos, brasileira, que possui estruturas de governança responsáveis por estabelecer diretrizes e políticas institucionais em respeito à Constituição Brasileira e em sintonia com o Greenpeace Internacional; monitorar o desempenho das atividades no Brasil; zelar pelos princípios e objetivos da organização; e fiscalizar a correta aplicação dos recursos, com integridade e transparência.
É o órgão soberano da Associação. Ela se reúne ordinariamente no primeiro semestre até o mês de abril de cada ano para aprovação de contas da associação. Compete à Assembleia Geral: aprovar as contas do Greenpeace Brasil; decidir sobre sua política e a forma de atuação; eleger, dentre os associados efetivos, aqueles que ocuparão os cargos do Conselho Diretor e do Conselho Fiscal.
O Conselho Fiscal é responsável pela fiscalização, direta e indireta, das atividades da Associação.
Compete ao Conselho Fiscal: fiscalizar os atos dos administradores e verificar o cumprimento dos seus deveres legais e estatutários; opinar sobre o relatório anual da administração, fazendo constar do seu parecer as informações complementares que julgar necessárias ou úteis à deliberação da Assembleia Geral; denunciar aos órgãos de administração e, se estes não tomarem as providências necessárias para a proteção dos interesses da Associação, à Assembleia Geral, os erros, fraudes ou crimes que descobrirem, e sugerir providências úteis à Associação; analisar o balancete e demais demonstrações financeiras elaboradas periodicamente pela Associação e examinar as demonstrações financeiras do exercício social e sobre elas opinar.
O Conselho Diretor é eleito pela Assembleia Geral.
Compete a este órgão: a direção estratégica da Associação; assegurar a observância à legislação e seu Estatuto; contratar e demitir o Secretário-Executivo; monitorar o desempenho do Secretário-Executivo no estabelecimento das prioridades e no cumprimento dos objetivos estabelecidos; apreciar o orçamento e o plano de trabalho anual e qualquer modificação ao mesmo no decorrer do exercício fiscal; assegurar a observância aos regulamentos, diretrizes e prioridades internacionais pertinentes ao Greenpeace; criar comissões e nomear seus membros, fixando-lhes regimento e atribuições, observadas as disposições do Estatuto da Organização, e aprovar a admissão de novos associados efetivos.
Órgão executivo e administrativo da Associação, formada pelo Secretário-Executivo e membros da sua equipe. Compete ao Secretário-Executivo: assegurar a implementação das decisões do Conselho Diretor; coordenar as atividades da Associação; supervisionar e executar as funções administrativas, financeiras, orçamentais e de planejamento; contratar e demitir membros da equipe e exercer outras funções atribuídas pelo Conselho Diretor.